"Halloween: El origen" empieza centrándose en la infancia de Michael Myers y en los acontecimientos previos al desencadenamiento de una orgía de sangre aquella fatídica noche de Halloween en la tranquila ciudad de Haddonfield, Illinois. Después de esa terrible noche, Michael fue encerrado en un hospital psiquiátrico de máxima seguridad, el Smith Grove’s Sanitarium, donde le trató el famoso psicólogo del comportamiento infantil Dr. Samuel Loomis (Malcolm McDowell), la única persona que entiende la malévola naturaleza de Michael. Ahora, 17 años después, Michael consigue escaparse del hospital el día de Halloween y se pone en marcha hacia Haddonfield para seguir con su sangrienta hazaña en un intento de resolver los acontecimientos de su pasado. De vuelta a la pequeña ciudad, sigue a Laurie Strode (Scout Taylor-Compton) y a sus amigas Annie (Danielle Harris) y Lynda (Kristina Klebe), tres alumnas del instituto. El Dr. Loomis se ha hecho famoso gracias al libro que escribió sobre Michael, y cuando se entera de que se ha escapado, se presenta en Haddonfield para ayudar al sheriff Brackett (Brad Dourif) y acabar con el reinado de terror del asesino.